作為悉尼奧運會羽毛球男子單打冠軍，吉新鵬在退役之後進入國家隊教練組，並擔任二隊的男單主教練。去年8月的世錦賽之後，為了讓國家隊更好地備戰北京奧運會，吉新鵬和張軍、劉永以及夏?澤一起調整進入國家一隊教練組，其中吉新鵬進入男單組。

　　李永波曾表示，吉新鵬等年輕教練都有奧運會參賽經歷，能對隊員起到潛移默化的作用。而為了增加教練和隊員之間的溝通與交流，國家隊為每個運動員的套房分配一個教練。吉新鵬就和林丹等運動員同住一個套間。在之前的采訪中，吉新鵬曾經稱贊林丹『比較隨和，性格也比較開朗，比較外向』，而他也多次表示，林丹最主要的問題是心態。『林丹需要的是更加穩定的狀態。』吉新鵬曾經在采訪中表示，『有時候可以跟他溝通一下，把他的精力分散一下，不要過於集中到比賽當中。』